מרי שלמה בן ישועה בן דוד בן חלפון עדני נולד בצנעא בשנת שכ"ז (1567). אביו מרי ישועה עדני היה מחכמי צנעא, אך לא נשא בתפקיד רשמי, והתפרנס מקמעונאות של דברי מכולת בחנות זעירה.
בשנת של"א (1571) בהיות מרי שלמה בן ארבע שנים עלתה משפחתו לארץ ישראל והתיישבה מספר שנים בצפת, שם היה ישוב יהודי גדול יחסי. אמו ואחיו נפטרו בשנים אלו. משפחתו סבלה חרפת רעב, ונתמכה בלחם חסד, ואף סבלה משכול ואלמון, ולכן עברה המשפחה לירושלים.
בגיל ט"ו שנים, בשנת שמ"ב (1582) מת אביו, ונשאר יתום מאביו ומאמו, גלמוד ועזוב, ומצבו של מרי שלמה נעשה קשה עוד יותר.