מרי יוסף בן סעדיה קאפח נולד, כנראה, בצנעא בתחילת המאה הי"ז.
נראה, כי שמש דיין בבית הדין של צנעא באמצע המאה הי"ז, וכנראה, קודם לשנת תכ"ב (1662), שכן משנה זו חתומים הדיינים: מרי אהרון בן דוד כהן, מרי שלמה מנזלי ומרי שלום בן משה ד'מארי.
חיבר ספר העוסק, כנראה, בפירוש להלכות הרמב"ם, כדברי ר"י קאפח מירושלים, דור י"ג אחריו:
"וראיתי בכתב אחד מאבות אבותי כה"ר יוסף בן סעיד קאפח...